Para paginar tu trabajo omitiendo la portada o algunos capítulos tienes que dividir primero el documento en secciones, según los bloques de paginación que usarás.
Por ejemplo, para una tesis te sitúas antes de la página de "Introducción" e insertas un salto de sección en Diseño de Página/Saltos/Salto de Sección/Página Siguiente.
Una vez hecho esto le das doble clic al área de pie de página de la segunda sección (Introducción) y en la parte superior desactivas "vincular al anterior" para que la paginación sea solo en la sección que requieres.
Enseguida eliges Insertar Número de Página, eligiendo en Formato de Número de Página comenzar con el número que necesitas.